如果公司申请的商标是可以对商标进行转让的，在对商标进行转让的时候需要签订协议，如果双方签订的协议是不合法的应该怎样进行处理?
商标转让协议协议不合法应该如何处理？
可以重新进行签订。
商标转让指的是商标权利人将商标所有权转让给他人，其方式可以是买卖，也可以是以商标出资或者是赠送等，转让的商标包括已经取得注册的也包括已经申请但尚未获准注册的商标。关于商标转让的手续，转让注册商标的，转让人和受让人应当签订转让协议，并共同向商标局提出申请。受让人应当保证使用该注册商标的商品质量。转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有。
转让注册商标的，转让人和受让人应当向商标局提交转让注册商标申请书。转让注册商标申请手续由受让人办理。商标局核准转让注册商标申请后，发给受让人相应证明，并予以公告。转让注册商标的，人对其在同一种或者类似商品上注册的相同或者近似的商标，应当一并转让；未一并转让的，由商标局通知其限期改正；期满不改正的，视为放弃转让该注册商标的申请，商标局应当书面通知申请人。对可能产生误认、混淆或者其他不良影响的转让注册商标申请，商标局不予核准，书面通知申请人并说明理由。
关于商标转让的办理，需要注意的是：
(1)注册商标的转让，在转让人与受让人签订《转让协议》后，还需共同到国家商标局申请核准，只有在国家商标局核准转让以后，受让人才正式取得商标专用权；
(2)在同一种或者类似商品上注册的相同或者近似的商标，应当一并转让，否则，商标局将视为放弃转让申请；
(3)商标局受理转让申请后，对于符合法律规定，予以核准，不符合法律规定的，则将不予核准。
实践中，一些企业与他人签订《商标转让协议》，把转让款支付完并使用商标或者拿到对方的《商标注册证》以后，就不去办理商标转让核准手续了。没有取得商标局的转让核准手续，等于该商标所有权仍在转让人的名下，在法律上转让人仍是该商标的专用权人，受让人并没有取得法律认可的商标所有权，因此，我们强调，在订立《商标转让协议》之后，一定要去办理商标转让申请，并取得商标局核发的《注册商标转让证明》，否则，对受让人来说，这是一个巨大的法律风险。
以上内容就是相关的回答，如果双方签订的协议是不合法的，那么签订的协议就无法生效，这个时候可以重新进行签订，签订了协议之后还需要到相关的部门进行登记，一定要确保协议是合法的，并且能够生效。