根据我国《商标法》第53条的规定，对于侵犯商标专用权的行为，工商行政管理部门可以采取下列措施：
1.责令立即停止侵权行为
对于侵权行为人正在进行的侵权活动，工商行政管理部门可以以行政决定的方式要求侵权人停止侵权行为。例如，工商行政管理部门可以要求侵权人停止假冒注册商标的行为，要求侵权人停止销售假冒注册商标的商品，要求侵权人停止伪造、擅自制造他人的注册商标标识，要求停止销售伪造、擅自制造的注册商标标识，收缴并销毁侵权商标，等等。
2.没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具
这是2001年《商标法》授予工商行政管理部门的一项权力，目的是要加大打击商标侵权行为的力度。也就是说，工商行政管理部门可以在不进行任何补偿的情况下将侵权商品和有关侵权工具予以没收，将侵权商品驱逐出流通领域，或者销毁侵权商品和侵权工具，以使侵权人不能再侵权。
3.处以罚款
工商行政管理机关在采取上述措施的同时，还可以对侵权人处以罚款。《商标法实施条例》第52条规定：对侵犯注册商标专用权的行为，罚款数额为非法经营额3倍以下；非法经营额无法计算的，罚款数额为10万元。
（四）移送
《行政处罚法》规定，违法行为构成犯罪，应当依法追究刑事责任，不得以行政处罚代替刑事处罚。违法行为构成犯罪的，行政机关必须将案件移送司法机关，依法追究刑事责任。
由于假冒商标可能构成刑事责任，对侵犯注册商标专用权的行为，涉嫌犯罪的，《商标法》也特别规定工商行政管理部门应当及时移送司法机关依法处理。
2007年9月颁布的《工商行政管理机关行政处罚程序规定》（总局令第28号）规定：工商行政管理机关发现违法行为涉嫌犯罪的，应当依照有关规定将案件移送司法机关。
为进一步加强公安机关和工商行政管理机关在保护注册商标专用权工作中的协作与配合，公安部和国家工商行政管理总局2006年1月13日还共同发布了《关于在打击侵犯商标专用权违法犯罪工作中加强衔接配合的暂行规定》，要求双方加强打击侵犯商标专用权违法犯罪工作的衔接配合，包括通报重大涉嫌犯罪线索和会商打击策略，依法移送和接受涉嫌侵犯商标专用权违法犯罪案件，相互通报侵犯商标专用权违法犯罪活动的情报信息，共同开展保护商标专用权领域的宣传和国际交流等事项。